4月より月光館学園高等部へ転入してきた2年生。幼い頃に事故で両親を失い、親族に引き取られて育ったが、10年ぶりにかつて暮らした街に戻ってくる。街では学生寮での生活を始めるが、謎の怪物「シャドウ」の襲撃を受けたことで「ペルソナ」能力が覚醒。その類まれなるペルソナ能力でシャドウを撃退した理は、シャドウ討伐組織「特別課外活動部」のリーダーとして活躍する。そして戦いのなか、仲間との出会いと別れをくり返し、心の成長を遂げていく。