「君は、1日が24時間ではないと言ったら、信じるかい?」1日と1日の狭間にある隠された時間「影時間」。街は動きを止め、人々はオブジェへと姿を変える。そこにはびこる異形の怪物「シャドウ」。それらに対抗できるのは、ペルソナという特殊な力を持つ者だけ。私立月光館学園に転校してきた主人公・結城 理(ゆうきまこと)はペルソナの力に覚醒し、同じペルソナ使いたちで構成された特別課外活動部へと引き入れられる。彼らはそれぞれ目的のため、影時間の真相を追ううち、想像を絶する運命と対峙する―――。
私立月光館学園に転入した主人公・結城 理は、異形の怪物「シャドウ」の襲撃をきっかけに、「ペルソナ」の力に覚醒し、同じペルソナ使いたちで構成された特別課外活動部へと引き入れられる。最初は流されるままに行動していた理だったが、「影時間」の謎を追い、「シャドウ」との死闘を重ねていくうちに、その心は大きな変化を見せ、仲間との強い絆を得る事となった。そして季節は春から夏へ。「シャドウ」との戦いは終わっていなかったが、特別課外活動部は新メンバーを迎え、非日常的な毎日に充実感さえ覚えるようになっていた。運命の歯車がまわり、また新たな試練が訪れることになるとは、誰も知らないまま―――。
「なんとなくわかったよ―君は失うことを恐れているんだね?」季節は秋へ。異形の怪物「シャドウ」と、主人公・結城 理をはじめとした特別課外活動部の戦いにも終わりが近づこうとしていた。「影時間」を終わらせるために「シャドウ」との死闘を重ねていく理たち。戦いを通し、あるものは仲間や家族の死と向き合い、あるものは守るべき大事なものに気付き、また、あるものは自分たちのこれまでの戦いの意味に葛藤する。そして、理のまえには謎の転入生・望月綾時が現れる―。新たな朝を迎えた時、再び運命の歯車はまわりはじめる。それぞれの繋がりを巡る戦いが始まる―。